Medvědi jsou ze všech tří evropských velkých šelem nejvíce ohroženi ničením biotopů - přirozených lesů. Rozmanitost živočišných a rostlinných druhů v lesích s vysokým podílem odumřelého dřeva a vrstevnatou porostní strukturou je značná. Právě tady medvědi nachází vhodné úkryty a dostatek potravy, když rozhrabávají ztrouchnivělé pařezy a na světlinkách se živí lesními plody. Bohužel z hlediska reálného dopadu, stát zabezpečuje těmto šelmám a jejich přirozeným biotopům nedostatečnou ochranu. Podobně jako rysy a vlky ovlivňuje medvědí populaci i fragmentace a zástavba krajiny. K životu si vybírají oblasti s návazností na další vhodné biotopy. Ty jsou ale v České republice značně ostrůvkovité a to je pravděpodobně jedním z důležitých faktorů, proč se u nás medvědi nevyskytují trvale, ani se nešíří do dalších území.
Také medvědům hrozí smrt ze strany pytláků. Vzhledem k nízkým počtům medvědů u nás je však tento problém závažnější např. v sousedním Slovensku, odkud medvědi na naší straně hor obvykle pochází. Na Slovensku navíc v minulosti probíhal tzv. regulační lov. Velkou hrozbou je pro medvědy v neposlední řadě i nevhodné chování a nepochopení ze strany nás - lidí. V oblastech výskytu medvědů je pro bezproblémové soužití potřeba dodržovat některá základní pravidla, týkající se např. vhodného zabezpečení odpadů, hospodářských zvířat a včelstvech nebo přikrmování zvěře. Tam, kde si medvědi navyknou přiživovat se na naší potravě nebo jsou přímo lidmi krmeni, může dojít k jejich tzv. synantropizaci.
Ničení biotopů a fragmentace krajiny
Většina posledních pralesů byla v Beskydech smýcena ve 40. letech 20. století, a tak jsou dnešní hory pokryty z větší částí věkově uniformními porosty smrčin pochybné provenience. Zbytky přírodních lesů, „pralesů“, poskytují možnosti k obživě několika jedincům, chybí ovšem klidové zóny - tedy oblasti zcela bez lidí.
Vůči těžbě dřeva je státní ochrana přírody, mimo několik přírodních rezervací, v právním rámci chráněných krajinných oblastí zcela bezzubá, a tak dále dochází k holosečnému mýcení hodnotných jedlo-bukových porostů a nahrazování monokulturami smrku jen s minimálním podílem listnáčů (viz běžná praxe např. v Javorníkách a Vsetínských vrších). Přitom bukvice jsou pro medvědy klíčovým zdrojem energie na podzim, kdy medvědi nabírají tuk tolik potřebný pro úspěšné přezimování.
Přírodní lokality v Západních Karpatech jsou silně izolovány hustě osídlenými údolími, která brání živočichům v pohybu krajinou. Prostupnost krajiny pro volně žijící živočichy nejvíc ohrožuje rozšiřování zástavby, vzájemné propojování sídel v údolích, nová liniová dopravní infrastruktura a růst rekreačních areálů oplocování pozemků. Ani na české ani na slovenské straně hor se navíc téměř nenachází vhodné přechody pro zvěř, které by izolované ostrůvky vhodných biotopů propojovaly. Zvlášť pro tak velkého savce, jakým je medvěd, s vyššími nároky na podobu biokoridorů, neexistuje na moravsko-slovenském pomezí momentálně žádný vhodný ekodukt. Podobné přechody by navíc prospěly i lidem, v roce 2021 bylo na Slovensku na cestách sraženo 40 medvědů.
Synantropní medvědi, regulační lov a pytláctví
Velké nebezpečí pro celou populaci představují synantropní medvědi. Jde o jedince, kteří si navyknou pohybovat se v blízkosti lidí a sídel a využívat jejich produktů. Např. snadného zdroje potravy v podobě zbytků, odpadků nebo i úmyslných návnad. Takoví medvědi mohou postupně ztrácet plachost a následně pro člověka představovat reálné riziko a tím i pro akceptaci medvědů veřejností. Pokud se nepodaří jejich chování změnit, mohou být z populace odstraněni (odchyceni nebo uspáni) na základě vydání výjimky - v Česku a na Slovensku takovou výjimku uděluje Ministerstvo životního prostředí.
Za synantropii u medvědů bohužel vždy mohou lidé. Jako inteligentní zvíře s vynikajícím čichem a nutností vytvořit si během krátké doby dostatečné energetické zásoby je přirozené, že medvěd vyhledává nejsnáze dostupnou potravu. Proto je potřeba v oblastech jejich výskytu správně zabezpečovat odpady, zbytky jídel nebo i hospodářská zvířata a včelstva. Tedy i na české straně Beskyd, kde se medvědi pravidelně pohybují. Na Slovensku mají obce dokonce vyhláškou uloženou povinnost zajišťovat u odpadů dostatečné protimedvědí zabezpečení. Ne všude ji však naplňují. Problematické je také přikrmování medvědů, za cílem pytlačení, vynuceného odstřelu nebo pořizování fotografií.
Dnes má problémové medvědí jedince na starost speciální zásahový tým, spadající pod MŽP. Kdysi však o tyto výjimky žádali přímo myslivecké spolky a u našich sousedů tak v podstatě probíhal jistý druh regulačního lovu medvědů. Tehdejší orgány ochrany přírody bohužel neznaly skutečnou početnost populace, podle které by žádosti o odstřel hodnotily, ani situaci nějak zvlášť nevyšetřovaly. Každoročně se tak povolovaly odstřely medvědů, kteří nikdy nezpůsobili žádnou škodu. Tento způsob regulačního lovu na výjimky narušoval sociální strukturu populace a problémy s medvědy neřešil, ale v části případů dokonce vytvářel. Mezi lety 2000-2015 bylo na výjimku odstřeleno 436 medvědů. [1]